Bei den Bombenangriffen während des zweiten Weltkriegs wurde auch die Kathedrale getroffen und brannte bis auf die Grundmauern aus. Die Kuppel war zusammengebrochen. Innenraum, Altar und Bischofssitz wurden zerstört und auch die Decke der Krypta stürzte teilweise ein.
Größtenteils wurden die Aufräumungsarbeiten in der Ruine der Kathedrale von freiwillige Helfer der St. Hedwigs-Gemeinde ausgeführt.
Nach den Plänen des Düsseldorfer Architekten Prof. Hans Schwippert ermöglichte der Altar inmitten der Gemeinde, kreisförmig von den Gläubigen umringt, erstmalig in einer neugestalteten Bischofskirche die Zelebration des Messopfers der Gemeinde zugewandt, wie es das Konzil empfahl. Der Wiederaufbau fand nach zwölfjähriger Anstrengung unter Leitung dreier Berliner Bischöfe mit der Weihe des Altars (190 Jahre nach der Kirchweihe) durch Alfred Kardinal Bengsch seinen glücklichen Abschluss.
Bischof Dr. Heinrich Theissing am 1. 11. 1988:
"Ich liebe die St. Hedwigskathedrale, weil sie in ihrer neuen architektonischen und künstlerischen Ausgestaltung das Erlösungswerk Christi symbolisch darstellt."